Училась у Теодора Лешетицкого и Эмиля фон Зауэра. В 1907 г. познакомилась, а в 1911 гг. вышла замуж за скрипача Виллема фон Хоогстратена (брак распался в 1927 г.), много концертировала в дуэте с ним. В 1920-е гг. жила и выступала преимущественно в США, упрочив мировую репутацию выдающейся исполнительницы произведений Бетховена и Брамса. В 1930 г. вернулась в Европу. Поддержала установление в Германии фашистского режима, в 1937 г. вступила в НСДАП, преподавала в различных музыкальных учебных заведениях, в том числе в особой консерватории, созданной немцами в оккупированном Кракове; известно письмо Ней Йозефу Геббельсу с вопросом, очищены ли уже Нидерланды от евреев: если да, то Ней готова была согласиться на гастроли в этой стране. По окончании Второй мировой войны на протяжении семи лет Элли Ней запрещено было выступать. После реабилитации в 1952 г. она вернулась к активной концертной деятельности, продолжавшейся до последних лет её жизни.