Кажется понял в чём дело. Если мне не изменяет память, оригинальный cue-файл был в кодировке Юникод. Откройте его в Блокнот - Сохранить как... и поменяйте Кодировку. Я обычно использую UTF-8.
Хм... странно. Ошибку вы исправили и у меня ваш cue-файл работает (foobar2000 v1.6.4). Может проблема с самим файлом ape? Вы пробовали запустить его без cue-файла?
По поводу отсутствия 12 трека на 2-ом диске в комплекте. Он заявлен в описании, но присутствовал ли он физически на диске? Есть у меня один диск от DG, где трек есть в описании и отсутствует на самом диске. Может тут такая же история? В исполнении этого фрагмента Aafje Heynis не принимает участие. Это чисто хоровой номер. Так что не велика потеря, ведь произведение исполняется не целиком, а только фрагменты с её участием. Может быть поэтому этот трек и отсутствует у всех продавцов цифровой версии комплекта. Хотя и упоминается.
На виниле от EPIC, где записаны BWV 169 и RITTER: Cantata "O amantissime sponce" с теми же исполнителями, на пятаке гордо красуется надпись STEREORAMA. Значит не mono. А оцифровать пластинку можно с любыми параметрами - вот и весь секрет.