Действие I. Принц Тамино заблудился в горах, спасаясь от змея. Три дамы, служительницы Царицы ночи, спасают его от змея. Очнувшийся принц видит птицелова Папагено, делающего вид, что спас принца именно он. Три дамы возмущены его бахвальством и наказывают, повесив на рот замок. Дамы сообщают принцу, что он спасён Царицей ночи, которая дарит ему портрет своей дочери Памины. Тамино влюбляется в портрет. По словам Царицы ночи, девушку похитил злой волшебик Зарастро. Принц отправляется спасать Памину. Царица даёт ему волшебную флейту, которая поможет одолеть зло. Папагено получает волшебные колокольчики и должен по велению Царицы помогать принцу. В сопровождении трёх мальчиков они отправляются в путь.

Мавр Моностатос, охранявший Памину в замке волшебника, похитил ее. Папагено проникает в комнату, где спрятана девушка. Птицелов и мавр пугаются друг друга, мавр убегает. Папагено рассказывает Памине, что его послала мать, и о влюбившемся в нее по портрету принце Тамино. Девушка согласна бежать, мавр бросается в погоню. Тамино в это время находится в священной роще с тремя храмами. Жрец рассказывает принцу, что его обманули: Зарастро на самом деле добрый волшебник, а не злой, и Памину он похитил по воле богов. Тамино начинает играть на флейте и слышит колокольчики на костюме Папагено. При звуках волшебной флейты мавр вынужден прекратить погоню. Зарастро обещает Памине помочь встретиться с Тамино. Появляется Моностатос, поймавший принца. Тамино и Памина бросаются друг другу в объятья.

Действие II. Зарастро открывает жрецам, что Тамино послан стать защитником Храма Мудрости от Царицы ночи, и в награду получит в жены Памину, для чего она была и похищена. Принца ожидают испытания. Тем временем Моностатос снова преследует Памину. Но слышится голос Царицы ночи, и он убегает. Царица в отчаянии от того, что принц Тамино хочет посвятить себя служению храму, и просит дочь воздействовать на него. Та отказывается. Царица грозит отречься от дочери, если та не убьет волшебника. (Ария Царицы: («Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen»)

В храме принца и Папагено подвергают первому испытанию — на молчание. Памина думает, что принц ее разлюбил. Второе испытание — Тамино говорят, что он должен проститься с Паминой навсегда. И он покидает ее. А Папагено, увидев чудесную девушку, не выдерживает испытание — он наконец нашел свою Папагену.

Памина хочет смерти, но три мальчика успокаивают её. У принца последнее испытание: пройти сквозь огонь и воду. Появляется Памина, чтобы пойти вместе с ним. Волшебная флейта поможет им. Папагено же наказан, он потерял Папагену. Но три мальчика напоминают ему о волшебных колокольчиках, которые должны помочь вновь обрести возлюбленную. Последнюю попытку предпринимает Царица ночи: она обещает свою дочь Моностатосу, если тот поможет уничтожить храм. Но наступает день, и исчезает власть Царицы. Рассеивается мрак, и восходит солнце. Жрецы славят доброту и разум Зарастро.