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Serie I: Geistliche Gesangwerke
Werkgruppe 1: Messen und Requiem (8 Bänden)
Werkgruppe 2: Litaneien, Vespern (2 Bänden)
Werkgruppe 3: Kleinere Kirchenwerke (1 Band)
Werkgruppe 4: Oratorien, Geistliche Singspiele und Kantaten (4 Bänden)
Serie II: Bühnenwerke
Werkgruppe 5: Opern und Singspiele (20 Bänden)
Werkgruppe 6: Musik zu Schauspielen, Pantomimen und Balletten (2 Bänden)
Werkgruppe 7: Arien, Szenen, Ensembles und Chöre mit Orchester (4 Bänden)
Serie III: Lieder, mehrstimmige Gesänge, Kanons
Werkgruppe 8: Lieder (1 Band)
Werkgruppe 9: Mehrstimmige Gesänge (1 Band)
Werkgruppe 10: Kanons (1 Band)
Serie IV: Orchesterwerke
Werkgruppe 11: Sinfonien (10 Bänden)
Werkgruppe 12: Kassationen, Serenaden und Divertimenti für Orchester (6 Bänden)
Werkgruppe 13: Tänze und Märsche (3 Bänden)
Serie V: Konzerte
Werkgruppe 14: Konzerte f.1 od.mehrere Streich-, Blas- und Zupfinstr. u.Orch (6 Bänden)
Werkgruppe 15: Konzerte f.1 od.mehrere Klaviere u. Orch. mit Kadenzen (8 Bänden)
Serie VI: Kirchensonaten
Werkgruppe 16: Sonaten für Orgel und Orchester (1 Band)
Serie VII: Ensemblemusik für größere Solobesetzungen
Werkgruppe 17: Divertimenti und Serenaden für Blasinstrumente (2 Bänden)
Werkgruppe 18: Divertimenti für 5–7 Streich- und Blasinstrumente (1 Band)
Serie VIII: Kammermusik
Werkgruppe 19: Streichquintette und Quintette mit Bläsern (2 Bänden)
Werkgruppe 20: Streichquartette und Quartette mit einem Blasinstrument (4 Bänden)
Werkgruppe 21: Duos und Trios für Streicher und Bläser (1 Band)
Werkgruppe 22: Quintette, Quartette u.Trios mit Klav. und mit Glasharmonika (2 Bänden)
Werkgruppe 23: Sonaten und Variationen für Klavier und Violine (2 Bänden)
Serie IX: Klaviermusik
Werkgruppe 24: Werke für 2 Klaviere und für Klavier zu 4 Händen (2 Bänden und Nachtrag)
Werkgruppe 25: Klaviersonaten (2 Bänden)
Werkgruppe 26: Variationen für Klavier (1 Band)
Werkgruppe 27: Klavierstücke (2 Bänden)
Serie X: Supplement
Werkgruppe 28: Bearbeitungen u.Übertragungen Fremder Werke (8 Bänden)
Werkgruppe 29: Werke Zweifelhafter Echtheit (3 Bänden)
Werkgruppe 30: Theorie- und Kompositionsstudien, Skizzen, Fragmente (4 Bänden)
Werkgruppe 31: Nachträge (4 Bänden)
Werkgruppe 32: Mozart und seine Welt in zeitgenössischen Bildern (1 Band)
Werkgruppe 33: Dokumentation der Autographen Überlieferung (2 Bänden)
Werkgruppe 34: Mozart. Die Dokumente seines Lebens (1 Band)
Werkgruppe 35: Addenda und Corrigenda (2 Bänden)