Любая ОС имеет сильные и слабые стороны. У линукса - один такой набор, у винды - другой, у соляриса - третий...

У винды главная проблема в структуре исполняемого модуля и системы безопасности. Фактически, мы имеет однопользовательскую ОС, к которой пытаются приделать распределение ролей, но это плохо получается. А система установки новых программ доведена до полного примитивизма - копируются готовые модули, никакой пересборки при установке из исходников нет. В лучшем случае, из дистрибутива берутся подходящие. Нет также достаточного контроля за изменением программных модулей. Это приводит к простоте модификации "экзешников" и заражения вирусами. У линукса такого безобразия гораздо меньше, поэтому и с вирусами проблем меньше.

У линукса главная проблема в том, что многие вещи писали программисты для себя, а не для пользователей. То, что взято из "нормальных юниксов", как правило, продумано очень прилично, но к сожалению, часто работает только из консоли. Многое же из того, что написано "чисто под линукс" - полное безобразие. Мне никогда не давалось понимание того, почему сменить драйвера для видеокарты можно только из символьного режима. В последнем номере журнала Linux format есть великолепная подборка "24 вещи, которые в линуксе необходимо обязательно изменить". Рекомендую, очень занимательное чтиво. Кое-что меняется к лучшему, но далеко не все. Явно видно отсутствие хороших специалистов по эргономике и дизайну. Главное направление развития - насовать как можно больше "рюшечек и примочек", а потом с гордостью говорить, что вот "у винды такого нет". Но вот сделать единый центр управления системой вроде "панели управления" или smit/smitty - "религия не позволяет".

Правда некоторые сведения, возможно, неточны. Так новая Opera 11 под Ubuntu у меня работает совершенно нормально (польза от Opera в том, что она свободно открывает Windows-файлы .mht и .url)