Возможно, могут помочь эти проги:

http://www.pistonsoft.com/mp3-split-ru.html (платная)

http://mp3splt.sourceforge.net/mp3splt_page/home.php (бесплатная).

XRECODE - аудиоконвертер, поддерживающий преобразование файлов практически любых форматов, а также извлечение аудиодорожки из видеофайлов.
Особенность XRECODE состоит в том, что программа оптимизирована для использования в системах с многоядерными процессорами, что позволяет параллельно конвертировать несколько файлов.

Сайт: http://xrecode.com/

Источник: http://www.softodrom.ru/

FLAC является кодером сжатия без потерь, т.е. сжатые этим кодером файлы в качестве ничего не теряют. Система подобна тому, как работает архиватор Zip. Отсюда следует, что степень сжатия не влияет на качество.

Причём цифра бывает до безобразия низкой, встречалось 32 kBit/s... Я также заметил, что чем меньше эта цифра, тем меньше размер FLAC-файла. А на мой убогий слух такие "Пользовательские" издевательства приводят к тому, что звук очень похож на тот, что издавал мой старый транзисторный приёмник Невский (типа мыльница).
С некоторых пор я не считаю такие рипы во FLAC беспотерьными (lossless), прохожу мимо и гуглю APE.
Спасибо.

9 out of 9 tracks converted with major problems.

Source: "C:\Documents and Settings\Константин\Мои документы\Моя музыка\Иоганн Себастьян Бах\ПОЛНОЕ СОБРАНИЕ СОЧИНЕНИЙ\Bach VOL40\CD1\CDImage.cue" / index: 1
Unable to open source file: Unsupported file format
Conversion failed: Unsupported file format
Source: "C:\Documents and Settings\Константин\Мои документы\Моя музыка\Иоганн Себастьян Бах\ПОЛНОЕ СОБРАНИЕ СОЧИНЕНИЙ\Bach VOL40\CD1\CDImage.cue" / index: 2
Unable to open source file: Unsupported file format
Conversion failed: Unsupported file format
и т.д. и т.д. и т.д.

Что мне делать с этой проблемой, не подскажете?

Вероятнее всего, в Вашем CUE указано изначальное расширение для целевого файла. APE обычно, снимают EACом без сжатия (WAV), а затем сжимают обезьяной. Расширение в кью при этом остается прежним. Для того чтобы открыть эту пару APE+CUE в фубаре, нужно исправить в файле CUE (это обычный текстовый файл, который можно редактировать в блокноте) расширение названия файла в кавычках после ключевого слова FILE (в Вашем случае заменить .wav на .ape).

Если Вам не нужно резать файл на треки, сходите туда:
http://hi-copy.livejournal.com/20503.html
возьмите сборку Влауга, прочитайте что про нее написано в посте и комментах, поставьте и забудьте обо всех проблемах съема, конверсии и проигрывания.
Если же таки надо резать все поступающее к Вам на треки, пользуйтесь тем, что скачали и мучайтесь дальше - для оптовой резки на треки выложенная там сборка неудобна.

PERFORMER "Berliner Philharmoniker, Herbert von Karajan"
TITLE "Gustav Holst - The Planets"
FILE "CDImage.ape" WAVE
TRACK 01 AUDIO
TITLE "Mars, the Bringer of War"
PERFORMER "Karajan"
INDEX 00 00:00:00
INDEX 01 00:00:33

и т.д. и т.д. и т.д.

Но все равно получается то же самое. Наверное, я что-то опятьне так делаю.

Приведенный Вами фрагмент совершенно нормальный.
Если Вы поправили оба кью и все равно не работает, посмотрите, совпадает ли ИМЯ файла. Часто его изменяют постфактум, забывая поправить кью.

Наконец, бывают ситуации (на NTFS-ных дисках), когда и при совершенно нормальном кью диск не открывается. Это связано со сбоями в политиках или подсистеме разрешений доступа. Все это очень сложно и разбираться "ПОЧЕМУ?" точно не стоит. Универсальный алгоритм в таких случаях: выделите содержимое кью, возьмите в буфер, вставьте в редакторе FARа, а затем возьмите в буфер из FARа и вставьте в пустой вновь созданный файл кью, или просто сохраните этот файл из FARа.
Особенно часто это происходит почему-то с резервными файлами *.BUP на DVD, вследствие чего невозможно записать обычным образом.

На всякий случай в прицепе нормальный кью для этого диска

Добавлено (06 Май 09, 08:17)
---------------------------------------------
Отлично! Теперь у меня все получается! Огромное-преогромное Вам спасибо!
А для файлов, не нуждающихся в разрезании, я выбрал "Фабрику форматов", тоже отличная программа.