Я делаю такие операции через Foobar. 1. Выделяем все треки, правая кнопка мыши, Convert, выбираем Output format (например, flac или mp3) и опцию Merge all tracks ... В итоге получаем один большой файл.
2. Делаем cue. Опять же выделяем все треки, правая кнопка мыши, Utils, Save as cuesheet. Далее внимание! В строчке Тип файла обязательно выбираем Album Image Cuesheet, либо ANSI, либо UTF-8 (последний будет правильно отображать умляуты, но может не подойти для аппаратных плееров).
3. Редактируем полученный CUE (строчка File) в соответcтвии с форматом и названием большого файла (1).